1989年4月19日，荊門市人民政府、中國民用飛機開發公司、原航空航天工業部宏圖飛機制造廠和航空航天工業部六〇五研究所簽訂了《關于建立“荊門聯合通用航空公司”的合同書》；10月4日，原航空航天工業部發文（航改〔1989〕1562號）同意成立荊門聯合通用航空公司（荊門通航最早名稱）。11月30日，中國民航局廣州管理局發文（穗管局專發〔1989〕027號）同意籌建荊門通航；12月5日，中國民航局發文（民航通籌字第02號）同意籌建荊門通航。
1990年7月2日，公司取得荊門市工商行政管理局頒發《企業法人營業執照》（荊市工商企注冊號18011412-72/2），荊門通航正式成立，經濟性質為全民所有制企業，注冊資本304萬元。三家股東單位為原宏圖飛機制造廠（后于2005年將相關權益轉給荊門宏圖特種飛行器制造有限公司）、中國民用飛機開發公司、荊門市交通運輸局（后于2012年將相關權益轉讓給荊門聯合航空公司）。
1992年2月18日，公司取得中國民航廣州管理局頒發的中國民航局通用航空許可證（民航通證字第01號）,12月2日，公司進行資產評估，注冊資本增至1900萬元。
2006年7月1日，國家農業部和湖北省人民政府共同出資建設湖北省荊門農用航空服務站項目，購買2架運五飛機及配套設施設備投入荊門通航；2008年3月15日，湖北省荊門農用航空服務站以飛機及相關資產入股公司，成為公司第四家股東。
2012年6月26日，荊門通航完成公司制改制，更名為現用名“荊門通用航空有限責任公司”，進行資產評估后注冊資本增至2020萬元。
2013年12月31日，中航通用飛機有限責任公司旗下珠海中航通用航空有限公司完成對原股東荊門宏圖特種飛行器制造公司持有公司的股權收購，成為公司新股東。
2014年1月14日，荊門通航新一屆股東會會議在荊門召開，同意珠海中航通用航空有限公司以現金2980萬元對公司進行增資擴股，成為公司控股股東，公司注冊資本增至5000萬元。荊門通航成為中國航空工業集團通用航空產業體系的重要組成部分。
公司將積極搶抓國家和集團大力發展通用航空戰略機遇，努力踐行航空工業通飛“傳播航空文化，實現飛行夢想，引領中國通用航空產業發展”戰略使命，主動融入國家“長江經濟帶”建設、湖北省發展臨空經濟和通用航空產業、荊門市政府和航空工業通飛建設愛飛客鎮潮流，借國家及當地政府的政策優勢、資金優勢和航空工業集團的品牌優勢、人才優勢，通過不斷加大機隊規模和運營能力建設，集聚人才，強化管理，創新商業模式，持續提升核心競爭力，對內服務于荊門、武漢航空產業園和愛飛客航空綜合體，對外向四周鞏固農林航空市場，拓展工業航空市場，沿長江經濟帶開展航空旅游、短途運輸、應急救援等新興業務，適時開展技術支持服務，建設中南地區通用航空適航維修基地，致力于成為中南地區領先、國內知名的專業通用航空運營商。
